Module 7 BG

Протоколът ProBac-seq използва библиотеки от РНК сонди и микрофлуидни търговски платформи за извършване на секвениране на едноклетъчна РНК

Микробните консорциуми в местообитанията на околната среда съставляват сложна и динамична система и носят всички трудности при генерирането и интерпретирането на техните транскриптомни данни

Анотирането на транскриптите означава сглобяване на конструктите, като се използва съпоставяне с референтни геноми или сглобяване de novo

Транскриптомиката се занимава с РНК транскрипти, които са:

Подходите за едноклетъчна транскриптомика с комбинаторно баркодиране включват следните методи:

Високопроизводителните методики, основани на секвениране на едноклетъчна РНК и поддържащи възможността за разрешаване на процеса на секвениране в една клетка, включват:

Методът Seq-Well изследва клетъчно улавяне и баркодиране на базата на капчици

Екологичната транскриптомика извлича транскриптоми (мРНК) на микробни съобщества от околната среда, за да разбере техните взаимодействия и взаимодействията с околната среда

PETRI-seq е техника, която позволява профилиране на експресията на прокариоти чрез маркиране на РНК in situ, последвано от секвениране

Основният протокол за анализ на частични транскриптоми на околната среда включва следния работен процес:

Екологичната протеомика притежава потенциал за генериране на иновативни хипотези за микробните процеси

Някои от протоколите, които улесняват анализите на частични транскриптоми на околната среда, включват:

При прокариотните транскрипти липсва механизъм за полиаденилиране и изолирането на ДНК не е лесно

Техниките MATQ-seq изолират единични клетки в отделни ямки на еднокамерни плаки и извършват индивидуални реакции на индексиране за генериране на библиотеки за секвениране

Par-SeqFISH е подход за експресиране на генома, който разкрива генната експресия в пространствен контекст с висока разделителна способност