1. GİRİŞ
İnsan uygarlığının gelişimi çevre ile yakından ilişkilidir. Ancak son derece endüstriyel bir toplumun ortaya çıkmasıyla birlikte, insanın doğaya müdahalesinin tehlikeleri keskin bir şekilde artmıştır. Çevre üzerindeki zararlı etki, biyoçeşitliliği ve insan sağlığını etkileyen genel bir sorundur.
Son yıllarda çevre kirliliğinin küresel niteliği, bu süreci önlemek ve mevcut kirlilik kaynaklarını ortadan kaldırmak için yeterli önlemlerin alınmasını gerektirmektedir. Temelde yeni biyoteknolojiler de dahil olmak üzere, öncelikle mikrobiyolojik yöntemlerin kullanımına dayanan yeni yaklaşımların geliştirilmesi gerekmektedir.
Böyle bir yaklaşım, kirlenmiş alanları doğal hallerine geri döndürmek için iyileştirme süreçlerinin uygulanmasıdır. Kirlenmiş ortamların iyileştirilmesine yönelik mevcut teknolojiler in situ ve ex situ olmak üzere iki ana gruba ayrılmaktadır. In situ teknolojiler, kirlenmiş malzemenin doğrudan sahada arıtılmasını içerir. Ex situ teknolojiler ise kirleticinin orijinal konumundan uzaklaştırıldığı ve kirlenmiş alandan veya alanın dışından temizlendiği bir iyileştirme seçeneğidir. Kirlenmiş bir ortamın her bir özel durumunda uygulanan iyileştirme yöntemleri, kirliliğin türü ve kapsamının yanı sıra arazinin kendi özelliklerine göre belirlenir.
Çeşitli çevresel iyileştirme yöntemleri arasında biyoremediasyon öncü bir rol oynamaktadır. Modern biyoremediasyon uygulamaları, kirliliğin veya kirleticilerin topraktan (yüzey tabakası, toprak altı ve tortu), sulardan (hem toprak altı hem de yüzey) ve havadan uzaklaştırılmasına yönelik teknikleri içermektedir.
Biyoremediasyon, su veya topraktaki toksik bileşikleri arıtmak, bozmak veya dönüştürmek için bakteriler, filamentli mantarlar, mayalar, algler ve bitkiler gibi canlı organizmaları kullanarak toprak ve su kirliliğini gidermek veya azaltmak için kullanılan doğal ve sürdürülebilir bir süreçtir. Kirlenmiş bölgelerin iyileştirilmesine yönelik bu etkili ve çevre dostu yaklaşım, biyolojik bozunma hızını yavaşlatan sınırlayıcı faktörlerin üstesinden gelmeyi amaçlayan bir biyoteknoloji dalıdır.
Ana biyoremediasyon yöntemleri:
- İnsan müdahalesinin çok az olduğu veya hiç olmadığı doğal azaltım;
- biyostimülasyon – belirli mikroorganizmaların büyümesini veya metabolizmasını teşvik etmek için besin maddelerinin ve elektron donörlerinin/alıcılarının eklenmesi;
- biyo-yükseltme – doğal veya yapay olarak yaratılmış mikroorganizmaların kasıtlı olarak eklenmesi.
Biyoremediasyonun başlıca avantajları:
- çevre dostu: yöntem, kimyasallara olan ihtiyacı en aza indiren ve ikincil kirliliği azaltan doğal süreçleri kullanır;
- еkonomik verimlilik: Kirlenmiş toprağı kazmak ve çıkarmak gibi geleneksel yöntemlerle karşılaştırıldığında, biyoremediasyon genellikle daha ucuz ve daha az invazivdir.
- sürdürülebilirlik: biyoremediasyonun başarılı bir şekilde uygulanmasından sonra, etkilenen alanlar restore edilebilir ve normal kullanıma geri döndürülebilir, bu da insanların yaşam kalitesini ve sağlığını iyileştirir.
Biyoremediasyonun karşılaştığı zorluklar
- mikrobiyolojik süreçlerin biyoremediasyonda uygulanması, çevresel restorasyon için mikrobiyal metabolik potansiyel hakkında yeterli bilgi eksikliği nedeniyle hala sınırlıdır;
- Kirlenmiş alanlarda mikroorganizmaların gelişimini kontrol eden süreçlerin hala tam olarak anlaşılamamış olması, biyoremediasyon uygulamalarını sınırlandırmaktadır.
2. BULGULAR
Çevresel omik, çevresel ve genetik faktörleri, toksisite mekanizmalarını ve tepki yollarını anlamak ve modellemek için omik teknolojilerinin uygulanmasını ifade etmektedir. Çeşitli çevresel faktörlere maruz kalma ile ilişkili olarak biyomoleküllerin özelliklerini inceler ve çevre bağlamında biyolojik süreçlerin anlaşılmasını ilerletmek için sistematik yaklaşımlar uygulamaktadır. Bu tür yüksek verimli çalışmalar, biyoremediasyon için uygun yeni organizmaların belirlenmesine ve moleküler düzeyde etkili bozunma mekanizmalarının keşfedilmesine yardımcı olabilmektedir.
2.1. Çevresel uygulamalarla ilgili temel omik teknikler
Çevresel omik, fenotip-genotip ilişkisini geliştirmek için çok çeşitli organizmaların ve/veya karmaşık mikrobiyal toplulukların metabolik süreçlerini daha iyi anlamayı, böylece çevresel değişikliklere yanıt olarak anahtar moleküller hakkında yeni bilgiler ve mikrobiyal topluluklar hakkında çok değerli bilgiler sağlamayı amaçlamaktadır
Çevresel uygulamalarla ilgili başlıca omik teknikler şunlardır (Şekil 1):
- Metagenomik – mikrobiyal bir topluluktaki genomların bilimi. Bu teknik, laboratuvar koşullarında yetiştirilemeyen yeni türlerin ve işlevsel genlerin tanımlanmasını sağlar.
- Metatranskriptomik – koşullar altında ve belirli bir zaman aralığında aktif olarak ifade edilen genleri ve mikrobiyal işlevleri ortaya çıkarmak için mikrobiyal topluluğun tüm (meta) transkriptomunun sıralanması.
- Metaproteomiks – belirli bir zaman aralığında mikrobiyal topluluklarda bulunan tüm proteinler hakkında bilgi sağlayan, gelişmekte olan bir omik bilimi.
- Metabolomik – homeostazın sürdürülmesi veya değiştirilmesinin en doğrudan göstergesi olan bir numunedeki tüm metabolitlerin tanımlanması ve miktarının belirlenmesi;
- Fluksomik – metabolik akışların ve fluksom’un analizi ile ilgilenen yeni bir omik disiplini, belirli koşullar altında fenotiplerin gerçek ve dinamik resmini yakalar.
Öğrenin: Metagenomik ilkeleri ve iş akışı (video)
Öğrenin: Metatranskriptomik analizi: bir eğitim: (video)
Öğrenin: Metaproteomik türleri hakkında daha fazla bilgi (video)
Öğrenin: Metabolomik ve çevresel metabolomik hakkında daha fazla bilgi (video)
Şekil 1. Çevresel uygulamalarla ilgili omik tekniklerin entegrasyonu
(Kaynak:Emwas vd., 2022 ).
Omik teknikler, mikrobiyal topluluklar ve bunların çevreyle etkileşimleri hakkında paha biçilmez bilgiler sağlamakta, biyolojik sistemlerin kapsamlı bir şekilde analiz edilmesine olanak tanımakta ve yeni ve adaptasyon mekanizmalarının keşfedilmesine yardımcı olmaktadır. Farklı omik tekniklerin birleştirilmesi teknikleri, ekosistem süreçlerinin daha eksiksiz bir resminin çizilmesine, çevrenin korunması ve sürdürülebilir kaynak yönetimi için stratejilerin geliştirilmesine yol açmıştır.
2.2. Çevre araştırmalarına bütüncül bir multiomiks yaklaşımı
Mikrobiyal topluluklar, çeşitli ekosistemlerin işleyişi için çok önemlidir ve besin döngüsü, tarım ve sağlık üzerinde kritik bir etkiye sahiptir. Mikropların kurduğu simbiyotik ilişkilerde, metabolik alışverişlerde ve iletişim ağlarında belirgin olan birbirine bağlılık ile karakterize edilirler. Bu karmaşık ilişkileri anlamak, mikrobiyal toplulukların çevresel değişikliklere karşı direncini ve uyum yeteneğini deşifre etmek ve ekosistemlerin dengesini ve direncini korumak için çok önemlidir. Yeni omik yaklaşımlar ve biyoinformatik merceği sayesinde, belirli mikrobiyal türlerin rolleri, çevresel değişikliklere verdikleri tepkiler ve biyojeokimyasal döngüler üzerindeki kolektif etkileri ortaya çıkarılmaktadır (Şekil 2). Multiomiks yaklaşımı, araştırmacıların karmaşık mikrobiyal topluluklar içindeki gen ifadesini, protein aktivitelerini ve metabolik yolları aydınlatarak mikrobiyal sistemler hakkında bütünsel bir anlayış kazanmalarını sağlar.
Şekil 2. Ekosistem mikrobiyom bağlantısı. Ekosistem mikrobiyom bağlantısı. (Kaynak:Zhu ve ark., 2023 )
3. ALTERNATİFLER
3.1. Ekolojik omiklerin biyoteknolojik uygulamaları
Omik teknolojilerini ekolojik bağlamda kullanan ekolojik omik, geniş bir biyoteknolojik uygulama yelpazesine sahiptir Martínez-Espinosa ve diğerleri, 2023. Bunlardan başlıcaları Tablo 1’de sunulmuştur.
Tablo 1. Ekolojik omiklerin başlıca biyoteknolojik uygulamaları
| Uygulama | Öz |
| Biyoremediasyon | Tehlikeli atıkları ayrıştırmak, atık su ve toprağı arıtmak ve su ürünleri yetiştiriciliğini geliştirmek için mikroorganizmaların ve enzimlerin kullanılması; insan sağlığı için düşük riskli, çevre dostu bir yöntem. |
| Sürdürülebilir tarım | Hücre ve doku kültürü, gen rekombinasyonu ve mikrobiyal fermantasyonun, verimliliği ve stres faktörlerine karşı direnci artırılmış yeni bitki çeşitleri yaratmak için uygulanması. |
| Biyo-üretim ve endüstriyel biyoteknoloji | Daha az kaynak ve enerji gerektiren ve daha az atık ve kirletici emisyon üreten yeni üretim süreçleri geliştirmek için mikroorganizmaların veya bunların biyolojik bileşenlerinin kullanılması. |
| Biyoekonominin geliştirilmesi | Çevreyi korurken ekonomik büyümeyi ve istihdamı destekleyen yeni değer zincirleri oluşturmak için biyoteknolojik yaklaşımların entegre edilmesi. |
4. ÇÖZÜMLER – OMİK TEKNİKLERİ VE YAKLAŞIMLARI
Çevre araştırmalarında biyoteknolojik uygulama potansiyeli olan omik yaklaşımlar, endüstriyel biyo-üretim için gerekli olan metabolik yolların anlaşılmasını ve optimizasyonunu destekler (Şekil 3).
Şekil 3. Çevre araştırmalarında potansiyel uygulama alanı olan omik yaklaşımlar.
(Kaynak: Sharma ve ark., 2022)
4.1. Tehlikeli kirleticilerin biyolojik bozunması
Karbon tetraklorür ve trikloroetenin yeraltı suyu kirleticileri olarak yaygınlığı, büyük ölçüde kuru temizleme çözücüleri ve metal yağ çözücüleri olarak yaygın kullanımlarından ve uygunsuz bertaraflarından kaynaklanmaktadır. Biyoteknoloji, trikloroeten, trikloroeten ve toksik metabolit cis-dikloroetenin (cDCE) biyolojik olarak parçalanması için yeni fırsatlar sunmaktadır. Buna bir örnek, cis-dikloroeteni (cDCE) kullanabilen tek bakteri izolatı olan Polaromonas sp. suşu JS666’dır.
Polaromonas sp. biyoremediasyon ve biyokataliz için potansiyel uygulamaları: https://doi.org/10.1128/AEM.00031-09
4.2. Ağır metallerin biyoremediasyonu için omik teknolojilerin potansiyeli
Omik teknolojileri, ağır metallerin ortamdan uzaklaştırılması veya nötralize edilmesi için biyoremediasyon tekniklerinin optimize edilmesinde kilit bir rol oynamaktadır:
- Dirençli organizmaların keşfi: ağır metallere karşı direnç ve birikimden sorumlu genlerin tanımlanması.
- Detoksifikasyon mekanizmalarının ortaya çıkarılması: organizmaların ağır metalleri dönüştürdüğü veya tuttuğu biyokimyasal yolların aydınlatılması.
- Genetik modifikasyon: ağır metalleri absorbe etme ve nötralize etme kabiliyeti artırılmış genetiği değiştirilmiş organizmaların oluşturulması.
- Biyoremediasyon süreçlerinin daha iyi anlaşılması ve iyileştirilmesi: Kirlenmiş ortamların temizlenmesine yönelik etkili stratejilerin geliştirilmesi için omik teknolojilerin entegre edilmesi.
Tablo 2’de Haloarchaeal türü Haloferax mediterranei‘nin çeşitli uygulama örnekleri gösterilmektedir.
Tablo 2. Ağır metallerin biyoremediasyonu için mikroorganizmalarla omik teknolojilerin bazı önemli uygulamaları
| Haloferax mediterranei | Uygulama |
| – Yüksek konsantrasyonlarda nitrat, nitrit ve (per)klorat içeren atık sularda bakır giderimi için biyoremediasyon. | Llorca & Martínez-Espinosa, 2022 |
| – Yüksek konsantrasyonda tuz içeren atık suların arıtılması | Torregrosa-Crespo ve diğerleri, 2020 |
| – Polihidroksi-alkanoatların (PHA) üretim modeli | Wang ve Zhang, 2021 |
| – Lipazlar gibi hidrolitik enzimlerin kaynağı. | Akmoussi-Toumi ve diğerleri, 2018 |
| – Bakterioruberin gibi karotenoidlerin üretimi için hücresel fabrika. | Giani ve diğerleri, 2021 |
4.3. Yenilikçi biyosensörlerin geliştirilmesi
Lantanitler (Ln), yeni yeşil enerji teknolojilerinin geliştirilmesinde potansiyel kullanımları nedeniyle araştırmacıların ilgisini çekmektedir. Bununla birlikte, çevre ve insan sağlığı üzerindeki etkilerine ilişkin endişeler, birikimlerini izlemek ve toksisitelerinin hücresel ve moleküler mekanizmalarını tanımlamak için güvenilir biyosensörlerin tasarlanmasını gerektirmektedir.
Omik yaklaşımların (genomik fenotipleme, proteomik analiz ve moleküler fizyoloji analizleri) lantanitlere maruz kalan Saccharomyces cerevisiae model organizmasına uygulanması, Ln direncini ve toksisitesini etkileyen genleri ve metabolik yolları ortaya çıkarmaktadır. Bu omik yaklaşımların kombinasyonu kullanılarak, hücre duvarı bileşenlerinin sadece Ln adsorpsiyonuna dahil olmadığı, aynı zamanda hücrelerin hafif ve ağır Ln arasında ayrım yapmasına izin veren aktif sinyal efektörleri olduğu bulunmuştur. Bu çalışmalar, yüksek ökaryotlarda Ln toksisitesinin daha iyi anlaşılmasının yolunu açmaktadır [Grosjen et al., 2022].
Lantanit kirliliği için yenilikçi biyosensörlerin geliştirilmesi Grosjen ve diğerleri, 2022
4.4. Ekolojik omiklerin agrobiyoteknolojide uygulanması
Eko-omik yaklaşımların uygulanması, biyo-gübrelerin geliştirilmesi veya biyo-uyarıcıların üretilmesi yoluyla, olumsuz çevresel etkiler olmaksızın mahsul veriminin artırılmasında kilit rol oynayabilir.
Bitki büyümesini teşvik eden rizobakteriler biyo-gübre olarak kullanılabilir. Bu mikroorganizmalar, rizosferde uygun bir ekolojik ortam yaratılmasında, kimyasal gübre ve pestisit kullanımının azaltılmasında, zararlıların ve hastalıkların oluşumunun engellenmesinde ve üretim artışı hedefine ulaşırken modern tarımın sürdürülebilir gelişiminin sağlanmasında önemli bir rol oynamaktadır. Son yıllarda omik tekniklerin uygulanması, bitkilerin kök sistemindeki rizobakterilerin büyümelerini teşvik ettiği ana mekanizmaları ortaya çıkarmıştır. Tarımsal açıdan önemli bitki özelliklerini gerçekleştirmek için omik tekniklerin kullanımına ilişkin örnekler Tablo 3’te listelenmiştir.
Tablo 3 Rizobakterileri incelemek ve verimliliklerini artırmak için proteomik, transkriptomik ve metabolomik tekniklerin uygulamaları.
| Mikrobiyal türler | |
| Bacillus pumilus | Liu ve diğerleri, 2020 – pirinç kök büyümesini uyarma mekanizmasının ortaya çıkarılması. |
| Herbaspirillum seropedicae | Irineu ve diğerleri, 2022 – mikrobiyal türlerle aşılandığında mısır gelişiminin erken aşamasını uyarmak ve verimi artırmak için moleküler mekanizmaların aydınlatılması |
4.5. Petrol kirliliğini azaltmak için multiomiks biyoteknolojik çözüm
Çoğunlukla insan kaynaklı faaliyetlerden kaynaklanan deniz petrol kirliliği, insan sağlığı ve ekosistemler üzerindeki olumsuz etkisi nedeniyle ciddi bir çevre sorunudur. Örneğin, 2010 yılında Meksika Körfezi’nde bulunan Deepwater Horizon petrol platformunun patlaması sonucu meydana gelen olay, deniz ekosistemine ciddi zarar vererek ekolojik bir felakete yol açmıştır. Petrol kirleticisinin tamamen ortadan kaldırılmasına yardımcı olan biyoremediasyon yaklaşımları olmuştur.
Öğrenin: Bp petrol sızıntısı nasıl gerçekleşti: Deepwater Horizon felaketi (video)
Hidrokarbon parçalayan mikroorganizmaların genomik arka planının ortaya çıkarılması, petrol kirliliğinin azaltılması ve çevresel zararın hafifletilmesi için etkili yöntemlerin geliştirilmesine katkıda bulunduğundan ekolojik açıdan büyük önem taşımaktadır. Yüksek verimli dizileme, petrol bozunmasını gerçekleştiren mikroorganizmalardaki temel mekanizmalar hakkında yeni bilgiler sağlar. Bugüne kadar, birkaç hidrokarbon ayrıştırıcı bakterinin genomları derinlemesine analiz edilmiştir. Bu genomlar çeşitli karakteristik farklılıklar göstermektedir (Tablo 4).
Tablo 4. Petrol ayrıştırma kapasitesine sahip farklı bakteri türlerinin genomlarının karakterizasyonu ve biyoremediasyondaki potansiyel uygulamaları
| Bakteriyel türler | Omik yaklaşım | Elde edilen özellikler |
| Alcanivorax borkumensis SK2 | RNA-seq ve metagenomik analize dayalı de novo transkriptomik | – Enerji üretimi ve hareketli genetik elementlerle ilgili az sayıda gen içeren, ancak petrol bozunumu ile ilgili çok sayıda gen içeren aerodinamik genom (Schneiker vd., 2006). |
| Achromobacter sp. HZ01 | RNA-seq ve metagenomik analize dayalı de novo transkriptomik | – 5,5 Mbp genom, toplam 5081 gen açıklanmıştır;
– en bol metabolik yol – amino asit metabolizması; – hidrokarbonları karbon kaynağı olarak kullanabilir – petrol hidrokarbonlarının parçalanmasıyla doğrudan ilişkili proteinlerin bolluğu); – n-alkanların oksidatif bozunması için sitokrom P450 tarafından başlatılan eksiksiz bir enzim sistemi; – aromatik bileşiklerin katekol yolu ile parçalanması – metan veya sikloalkanları oksitlemez – 150 biyolojik bozunma ve ksenobiyotiklerin metabolizması ile ilgili gen tanımlanmıştır. – biyosürfaktanların biyosentezi de dahil olmak üzere ikincil metabolitlerin metabolizmasıyla ilgili genlerin bolluğu |
5. ÖNERİLER
Son yıllarda çevre kirliliğinin Dünya’yı homeostaz durumunun ötesine taşıması, 2030 yılına kadar BM Sürdürülebilir Kalkınma Hedeflerine ulaşmak için hızlı bir toparlanma ve stratejiler geliştirme ihtiyacını ortaya koymaktadır. Ancak, yeni yaklaşımları uygulamanın zorlukları da yok değildir. Araştırmalarda omik teknolojilerin kullanılması, mevcut bilgileri önemli ölçüde genişleten büyük miktarda bilimsel veri üretmektedir. Bununla birlikte, yeni bilgi arayışında bazı yorumlama zorluklarının üstesinden gelinmesi gerekmektedir. Verilerin büyük miktarı ve karmaşıklığı nedeniyle, analizleri makine öğrenimine ve büyük dizilere dayalı özel teknikler gerektirir. Tek-omik yaklaşımlar söz konusu olduğunda, veri işleme, veri filtreleme ve temizleme, iyileştirme, dönüştürme, normalleştirme ve ölçeklendirme konularını ele almalıdır. Çoklu omik analizi ayrıca veri entegrasyonu, füzyon, kümeleme, görselleştirme ve işlevsel karakterizasyonla ilgili ek zorlukların üstesinden gelmelidir.
Bu potansiyel zorluklara rağmen, omik yaklaşımlar biyolojik sistemlerin daha önce görülmemiş bir hassasiyetle ve giderek azalan maliyetlerle gözlemlenmesini ve ölçülmesini mümkün kılmıştır ve bu yaklaşımların çevre bilimlerine tamamen entegre edilmesi sadece bir zaman meselesidir.
6. KAYNAKLAR
Akmoussi-Toumi, S., Khemili-Talbi, S., Ferioune, I., and Kebbouche-Gana, S. (2018) Purification and characterization of an organic solvent-tolerant and detergent-stable lipase from Haloferax mediterranei CNCMM 50101. Int. J. Biol. Macromol. 116, 817–830. https://doi.org/10.1016/j.ijbiomac.2018.05.087
Emwas, A.H., Szczepski, K., Al-Younis, I., Lachowicz, J.I., Jaremko, M. (2022) Fluxomics – New Metabolomics Approaches to Monitor Metabolic Pathways. Front Pharmacol. 13, 805782. https://doi.org/10.3389/fphar.2022.805782
Giani, M., Montero-Lobato, Z., Garbayo, I., Vílchez, C., Vega, J. M., Martínez-Espinosa, R.M. (2021) Haloferax mediterranei cells as C50 carotenoid factories. Mar. Drugs 19, 100. https://doi.org/10.3390/md19020100
Hong, Y.H., Ye, C.C., Zhou, Q.Z., Wu, X.Y., Yuan, J.P., Peng, J., Deng, H., Wang, J.H. (2017) Genome Sequencing Reveals the Potential of Achromobacter sp. HZ01 for Bioremediation. Front Microbiol. 8,1507. https://doi.org/10.3389/fmicb.2017.01507
Irineu, L.E.S.d.S., Soares, C.d.P., Soares, T.S., Almeida, F.A.d., Almeida-Silva, F., Gazara, R.K., Meneses, C.H.S.G., Canellas, L.P., Silveira, V., Venancio, T.M., et al. (2023) Multiomic Approaches Reveal Hormonal Modulation and Nitrogen Uptake and Assimilation in the Initial Growth of Maize Inoculated with Herbaspirillum seropedicae. Plants 12, 48. https://doi.org/10.3390/plants12010048
Jennings, L.K., Chartrand, M.M., Lacrampe-Couloume, G., Lollar, B.S., Spain, J.C., Gossett, J,M. (2009) Proteomic and transcriptomic analyses reveal genes upregulated by cis-dichloroethene in Polaromonas sp. strain JS666. Appl Environ Microbiol. 75(11), 3733-44. https://doi.org/10.1128/AEM.00031-09
Liu, S.R., Peng, X.X., Li, H. (2019) Metabolic Mechanism of Ceftazidime Resistance in Vibrio Alginolyticus. Infect. Drug Resist. 12, 417–429. https://doi.org/10.2147/IDR.S179639
Llorca, M.G., Martínez-Espinosa, R.M. (2022) Assessment of Haloferax mediterranei Genome in Search of Copper-Molecular Machinery With Potential Applications for Bioremediation. Front Microbiol. 13, 895296. https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.895296
Martínez-Espinosa, R.M., Armengaud, J., Matallana-Surget, S., Olaya-Abril, A. (2023) Editorial: Environmental omics and their biotechnological applications. Front Microbiol. 14, 1165558. https://doi.org/10.3389/fmicb.2023.1165558
Schneiker, S., Martins dos Santos, V.A., Bartels, D., Bekel, T., Brecht, M., Buhrmester, J., et al. (2006) Genome sequence of the ubiquitous hydrocarbon-degrading marine bacterium Alcanivorax borkumensis. Nat. Biotechnol. 24, 997–1004. https://doi.org/10.1038/nbt1232
Sharma, P., Singh, S.P., Iqbal, H.M.N., Tong, Y.W. (2022) Omics approaches in bioremediation of environmental contaminants: An integrated approach for environmental safety and sustainability. Environ. Res., 211, 113102. https://doi.org/10.1016/j.envres.2022.113102
Torregrosa-Crespo, J, Marset, X, Guillena, G, Ramón, DJ, María Martínez-Espinosa R. New guidelines for testing “Deep eutectic solvents” toxicity and their effects on the environment and living beings. Sci Total Environ. 704, 135382. https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2019.135382
Wang, K., and Zhang, R. (2021) Production of Polyhydroxyalkanoates (PHA) by Haloferax mediterranei from food waste derived nutrients for biodegradable plastic applications. J. Microbiol. Biotechnol. 31, 338–347. https://doi.org/10.4014/jmb.2008.08057
Wilmes P, Heintz-Buschart A, Bond PL. (2015) A decade of metaproteomics: where we stand and what the future holds. Proteomics. 15(20), 3409-17. https://doi.org/10.1002/pmic.201500183.
Zhu, Y.G., Zhu D., Rillig M.C., Yang Y., Chu H., Chen Q.-L., Penuelas J., Cui H.-L., Gillings M. (2023) Ecosystem Microbiome Science. mLife 2(1), 2-10. https://doi.org/10.1002/mlf2.12054
