1. GİRİŞ
Sucul toksikoloji, kimyasal kirleticilerin sucul organizmalar üzerindeki etkilerini inceleyen, balıklar, omurgasızlar ve algler dahil olmak üzere çeşitli biyolojik organizasyon seviyelerinde çok sayıda tür ile biyokarmaşıklığa katkıda bulunan bir çevre bilimi alanıdır. Geleneksel sucul toksikolojik çalışmalar genellikle multidisipliner bir yaklaşımla kirleticilerin sucul organizmaların davranışları, fizyolojileri, histolojileri ve ekolojileri üzerindeki akut öldürücü konsantrasyonları ile kronik, subletal ve subakut etkilerini bulmaya odaklanır. Ancak, genomik teknolojilerdeki hızlı ilerlemelerle birlikte, kirleticilerin organizmaları genetik ve moleküler seviyelerde nasıl etkilediğini anlamaya doğru bir kayma olmuştur.
Sucul toksikoloji alanı, genomik, transkriptomik, proteomik ve metabolomik gibi omik teknolojilerin ortaya çıkmasıyla son yıllarda önemli bir dönüşüm yaşamıştır; bu teknolojiler sucul organizmalar ve çevreleri arasındaki karmaşık etkileşimleri incelemek için kapsamlı ve yüksek verimli bir yaklaşım sunmaktadır. Moleküler biyoloji yöntemlerindeki gelişmeler çerçevesinde, “omik” yaklaşımlar 1990’ların başından bu yana dünya çapında bir patlama yaşamaktadır. Omiks, bir organizma veya ekosistem içindeki çeşitli molekülleri veya bileşenleri inceleyerek biyolojik sistemleri kapsamlı bir şekilde analiz etmeyi amaçlayan biyolojideki bir çalışma alanını ifade eder. Moleküler teknikler memelilerde, özellikle de insanlarda yoğun şekilde kullanılmaktadır, ancak sucul toksikolojide kullanımı çok yenidir ve çevresel kirleticilerin sucul organizmalar üzerindeki etkilerinin altında yatan moleküler mekanizmaları daha net bir şekilde anlamamızı sağlayacaktır
Öğrenin: Sucul toksikoloji nedir (video)
Öğrenin: Akuatik toksikoloji ve risk değerlendirmesi (video)
Öğrenin: Deniz hayvanlarında toksikoloji testleri (video)
“Ekotoksikogenomik terimi, transkriptomik, proteomik ve metabolomik seviyelerde toksik maruziyete adaptif yanıtı analiz eden çalışmaları tanımlar”. Sucul toksikolojide, omik yaklaşımlar, kirleticilerin sucul organizmalar ve ekosistemler üzerindeki etkileri ile sucul organizmalar ve çevreleri arasındaki karmaşık etkileşimleri anlamak için giderek daha önemli hale gelmiştir. Kirleticilerin etkilerinin erken uyarı göstergeleri olan biyobelirteçlerin (“Bir veya daha fazla kimyasal kirleticiye (ve/veya radyasyona) maruz kalındığına ve/veya etkilerine dair kanıt sağlayan doku veya vücut sıvısı örneklerinde veya tüm organizmalar düzeyinde ölçülebilen biyokimyasal, hücresel, fizyolojik veya davranışsal bir varyasyon”) kullanımı, yüksek hiyerarşik seviyelerde genom düzeyinde erken tepkiler tarafından her zaman öngörülmektedir (Depledge ve Fossi 1994, Van der Oost ve ark. 2003). Sucul sistemlerdeki toksik etki hiyerarşisi Şekil 1’de özetlenmiştir. Şekil 1’de görüldüğü gibi; (1) Toksik kimyasallar ilk olarak bireyi ve/veya genomlarını etkiler. Toksik maddeye maruz kalma doğrudan veya dolaylı olarak bireylerin üremesini veya ölümünü etkiliyorsa, toksik maddelerin popülasyon üzerindeki etkileri de gözlemlenebilir. (2) Popülasyonlar, tür etkileşimleri nedeniyle ekosistemi etkiler. (3) Bireylerin genomları, organizmaların işlevsel tepkilerinden toksikolojik olarak etkilenir. Dolayısıyla, toksik maddeler bazı türlerin bireylerini biyolojik olarak etkiler ve bu da bireylerin işlevsel tepkilerini toksik madde etkileri hiyerarşisinde birincil hale getirir (Nikinmaa, 2014).
Şekil 1. Toksik Madde Etkileri Hiyerarşisi (Kaynak: Nikinmaa, 2014)
Bu ÖÇ’nin amacı, genomik, transkriptomik, proteomik ve metabolomik değişiklikler üzerindeki ekotoksikolojik etkileri vurgulayan omik yaklaşım in vitro yöntemleri kullanarak sucul toksikolojinin en son vaka çalışmalarına genel bir bakış sunmaktır (Şekil 2)
Şekil 2. Akuatik Toksikolojide Sucul Toksikolojide Omik Teknolojileri (Kaynak: Kayode-Edwards ve ark. 2024)
Öğrenin: Akuatik ve Deniz Toksikolojisinde Omik Teknolojiler
2. Bağlam (Bulgular)
2.1. Akuatik Toksikolojide Genomik
Sucul toksikolojide genomik, araştırmacıların toksik tepkilerin altında yatan moleküler mekanizmaları araştırmasına olanak tanıyarak kirleticilerin sucul ekosistemleri nasıl etkilediğine dair daha derin ve daha kapsamlı bir anlayış sunar. Genomik, kirleticilerin sucul organizmalarda gen ifadesini, mutasyonu ve genel genomik bütünlüğü nasıl etkilediğine dair değerli bilgiler sağlar, bir organizmanın tüm genomundaki hangi genlerin yaşam süresine dahil olduğunu belirlemek için kullanılabilir. Teknolojinin gelişmesiyle birlikte, birçok sucul organizmanın genetik kodları incelenmiştir (Nam ve ark. 2023). Başlangıçta, fugu (Takifugu rubripes) ve balon balığı (Tetraodon nigroviridis), insan genomuna kıyasla kompakt genom boyutları nedeniyle en iyi genomik modeller olarak kabul edilmiş, ardından üç omurgalı çöpçünün (Gasterosteus aculeatus) ve zebra balığının (Danio rerio) genom dizilimi tamamlanmıştır (Aparicio et al. 1995; Baxendale et al. 1995, McKinnon and Rundle 2002, Tickle and Cole 2004, Peichel 2005, Howe et al. 2013, Ahmad et al. 2022). Sucul toksikoloji ile ilgili son genomik vaka çalışmaları Tablo 1’de revize edilmiştir.
Tablo 1. Sucul toksikoloji üzerine son genomik vaka çalışmaları
| Sucul Organizmalar | Toksik madde | Sonuçlar | Referanslardan daha fazla bilgi edinin |
| Danio rerio | Kadmiyum | Kadmiyum maruziyetinde DNA metilasyonu meydana gelir ve östrojene duyarlı genlerde epigenetik değişiklikler oluşur. | Pierron ve ark. 2023 |
| Danio rerio | Kodlayıcı gen bölgelerinde artmış eşanlamlı olmayan tek nükleotid polimorfizmleri (SNP’ler). | Yao ve ark. 2023 | |
| Danio rerio | Dibütil ftalat | Madde maruziyetine bağlı olarak artan oksidatif stres mitokondriyal fonksiyonları bozarak mitokondride oksidatif strese yol açmıştır. | Fan ve ark. |
| Mytilus galloprovincialis
|
Polietilen tereftalat mikropartikülleri | Mikroplastik maruziyeti olan midyelerde artmış DNA metilasyonu ve artmış toll benzeri reseptör gen ekspresyonu gözlenmiştir. | Park ve ark. 2024 |
Öğrenin: Akuatik Toksikolojide Genomik
Öğrenin: Sucul toksikolojide fonksiyonel genomik
Öğrenin: Kirli ortamlardan elde edilen doğal balık popülasyonları ile genomik yaklaşımlar
Öğrenin: Balık Fizyolojisi ve Genomik Araştırmaları (video)
2.2. Akuatik Toksikolojide Transkriptomik
Transkriptomik, bir organizmanın genomundan transkribe edilen tüm RNA molekülleri de dahil olmak üzere, organizmaların tüm transkriptomunun çalışmalarına odaklanır. Transkriptomik analizde kullanılan yöntemler arasında kantitatif gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ve mikroarray analizi yer almaktadır ve çalışmalar 1990’ların başında başlamıştır (Solanke ve Kanika, 2015). Kimyasalların in vitro toksisitesini karakterize etmek, kategorize etmek ve tahmin etmek için transkriptomik kullanarak hayvan testlerini azaltmak ve kimyasal taramayı hızlandırmak mümkün olabilir. Doğal yaşam alanlarından alınan organizmalardan veya laboratuvar ortamında kontrollü deneylerde organizmalardan elde edilen transkriptomik yanıtlar, hücrelerin ve dolayısıyla organizmanın bu stres faktörlerine verdiği yanıtlardır (Jeffrey vd. 2023). Transkriptomik çalışmalar, diğer biyoindikatörlerle birleştirildiğinde, sucul organizmalarda etkili kimyasal maruziyet izleme için kullanılabilecek moleküler biyobelirteçlerin tanımlanmasını da sağlar. Transkriptomik analizler, büyük ölçekli ve yüksek verimli yöntemlerin geliştirilmesiyle organizmalardaki fizyolojik değişiklikleri moleküler düzeylerde yansıtabilir (Kayode-Edwards ve ark. 2024). Sucul toksikoloji ile ilgili son transkriptomik vaka çalışmaları Tablo 2’de revize edilmiştir.
Tablo 2. Akuatik toksikoloji üzerine son transkriptomik vaka çalışmaları
| Sucul Organizmalar | Toksik madde | Sonuçlar | Referanslardan daha fazla bilgi edinin |
| Cyprinus carpio | Gümüş nanopartiküller (AgNPs) | Balık solungacının transkriptom ve metabolom seviyeleri, 24 saatlik bir maruziyetten sonra AgNP’ler tarafından tetiklenmiştir. | Xiang ve ark. 2021
|
| Mytilus edulis
|
Hipoksik stres | Hipoksik koşulların erken aşamalarında organel faaliyetlerinden sorumlu transkriptomlarda değişiklikler gözlenmiştir. | Hall ve ark. 2023 |
| Mytilus galloprovincialis
|
Dekabromodifenil etan | Maddenin etkisi altındaki kadın ve erkek bireylerde kolesterol homeostazı ile ilgili genler değişmiştir. Ayrıca, üreme genleri üzerinde de etkiler meydana gelmiştir. | Wang ve ark. 2023 |
| Sander vitreus | Hipoksik stres | Hipoksik koşulların protein katabolizması, DNA onarımı, moleküler şaperonlar ve iyon düzenlemesi ile ilgili transkriptomlarla ilişkili olduğu gösterilmiştir. | Jeffrey ve ark. 2023 |
| Platax teira | Isı stresi | Isı stresi altındaki balıklarda hücre bölünmesi ve metabolizma olaylarında diferansiyel olarak ifade edilen genler tanımlanmıştır. | Liu ve ark. 2023 |
| Mytilus trossulus
|
Norfluoksetin | Dişilerde serotonin sentezi ve taşınması uyarılmış ve gamet oluşumu hızlanmıştır. Erkeklerde ise serotonin seviyeleri düşerek sperm olgunlaşmasını geciktirmiştir. Böylece, transkriptomik analizler maddenin gametogenez üzerinde etkileri olduğunu ortaya koymuştur. | Goździk ve ark. 2024 |
Öğrenin: Çevresel Toksikolojide Balık Transkriptomik Yanıtları
2.3. Akuatik Toksikolojide Proteomiks
Transkripsiyon sonrasının incelenmesine olanak tanıyan proteomik yaklaşımlar, ksenobiyotiklerin zararlı mekanizmaları hakkında değerli bilgiler sağlayabilir ve biyobelirteç keşfine yardımcı olabilir. (Wang ve ark. 2023b). Elektroforez, kromatografi ve kütle spektrometresi olmak üzere üç ana teknolojiyle yapılan proteomik çalışmalar, biyoinformatiğin yorumlanmasıyla sonuçları elde etmektedir. “Ekotoksikoproteomik” terimi, farklı örneklerde önceden belirlenmiş proteinleri analiz etmek için güçlü bir araç olarak son yıllarda geliştirilen trend bir çalışma alanıdır (Gajahin Gamage ve ark. 2022). Sucul toksikolojide proteomik, ağır metaller, pestisitler, endokrin bozucu kimyasallar (EDC’ler) ve farmasötikler gibi toksik maddelere maruz kalmanın, belirli bir zamanda bir organizma tarafından ifade edilen tüm protein kümesi proteomu nasıl etkilediğini anlamaya odaklanmaktadır. Sucul toksikolojiye ilişkin son proteomik vaka çalışmaları Tablo 3’te revize edilmiştir.
Öğrenin: Çevresel toksikolojide balık modellerinin proteomiği
Öğrenin: Sucul toksikolojide son proteomik uygulamaların gözden geçirilmesi
Tablo 3. Akuatik toksikoloji üzerine son proteomik vaka çalışmaları
| Sucul Organizmalar | Toksik madde | Sonuçlar | Referanslardan daha fazla bilgi edinin |
| Chlorella sp. | Alfa-sipermetrin | Fotosentez, karbonhidrat metabolizması, hücre bölünmesi ve lipid metabolizması gibi önemli hücresel metabolik olaylarda madde maruziyeti ile farklı birikim gösteren 53 protein tanımlanmıştır.
|
Chanu ve ark. 2023 |
| Danio rerio
(embriyo) |
Benzil benzoat | 83 farklı şekilde ifade edilen proteinin çeviri, amid biyosentetik süreci, lipid taşınması, stres yanıtı ve hücre iskeleti aktivitesi dahil olmak üzere farklı biyolojik aktivitelerde yer aldığı bulunmuştur.
|
Kwon ve ark. 2023 |
| Alosa pseudoharengus,
Myoxocephalus thompsonii, Salvelinus namaycush |
Per- ve polifloroalkil maddeler (PFAS) | PFOS maruziyetinin her üç balık türünde de benzer serum proteinleri içerdiği bulunmuştur. Albümin sadece Salvelinus namaycush‘ta gözlenmiştir. Apolipoproteinler diğer iki tür için birincil serum proteini olarak bulunmuştur.
|
Point ve ark. 2023 |
| Danio rerio
(embriyo) |
Bakır | Balık embriyolarında daha yüksek proteom farklılaşmasına neden olmuştur. Oksidatif stres, hücre solunum olayları ve nörotransmisyon dışında, prolin, glisin ve alanin amino asitlerinin farklı şekilde ifade edilen proteinlere neden olduğu gösterilmiştir.
|
Green ve ark. 2024 |
| Danio rerio
|
Glifosat ve metabolitleri aminometilfosfonik asit | Hücresel solunum olaylarında, karbonhidrat ve lipid metabolizmasının madde maruziyetine verdiği tepkilerde proteom değişiklikleri gözlenmiştir. | Morozov & Yurchenko 2024 |
2.4. Akuatik Toksikolojide Metabolomik
Metabolomik analiz, kirleticilere maruz kalma ile bozulan metabolik yollara ilişkin bilgi sağlayabilir, maruz kalma veya etkinin metabolik biyobelirteçlerini tanımlayabilir ve organizmaların kirleticilere karşı fizyolojik tepkilerini daha iyi anlayabilir (Şekil 3).
Şekil 3. Maruziyetleri birbirine bağlayan çeşitli veri ilişkilerinin şeması, kimyasal kirleticilere maruz kalmaya karşı moleküler reaksiyonları incelemek için metabolomiklerin kullanımını vurgulamaktadır. (Kaynak: Bedia 2022)
Biyolojik sistemlerdeki metabolitlerin kapsamlı analizi olan metabolomik, çevresel kirleticilerin sucul organizmalar üzerindeki moleküler etkilerini anlamak için toksikolojide, özellikle de sucul toksikolojide kritik bir araç haline gelmiştir. Diğer omik teknolojilerin aksine, hücresel fenotipe yakın bir yöntemdir (Olesti et al. 2021). Metabolomun (“harici bir stres faktörü nedeniyle seviyeleri değişen endojen metabolitler”) ve ksenometabolomun (“çevresel kirleticilere maruz kalan bir organizmada biriken kimyasal ksenobiyotikler ve bunların metabolitleri”) eşzamanlı olarak profilinin çıkarılmasını sağladığından, çevresel (kseno)metabolomik, sucul organizmaların kirli suya maruziyetinin değerlendirilmesinde diğer yaklaşımlara göre önemli bir avantaj sunmaktadır. Çevresel (kseno) metabolomik, bu yöntem laboratuvar maruziyet deneylerinde kapsamlı bir şekilde araştırılmış olmasına rağmen, saha çalışmalarında henüz yeni kullanılmaya başlanmıştır (Gil-Solsona ve ark. 2021). Sucul toksikoloji üzerine yapılan son metabolomik vaka çalışmaları Tablo 3’te revize edilmiştir.
Tablo 3. Sucul toksikoloji üzerine son metabolomik vaka çalışmaları
| Sucul Organizmalar | Toksik madde | Sonuçlar | Referanslardan daha fazla bilgi edinin |
| Daphnia magna | Fenoxycarb | Üreme döngüsü sırasında oluşan metabolitler değişir. | Jeong ve Simpson, 2020 |
| Danio rerio | Bisfenol A | Lipid türevleri (trigliserid, digliserid, fosfatidilkolin ve fosfatidilinositol) konsantrasyonları artmıştır. | Martinez ve ark. 2020 |
| Danio rerio | Polistiren mikroplastikler | Madde maruziyetinin lipid metabolizması üzerinde etkileri olduğu bulunmuştur. | Dimitriadi ve ark. 2021 |
| Danio rerio | Isı stresi
Polistiren mikroplastikler |
Madde maruziyetinin araşidonik, oleik ve stearidonik asit dahil olmak üzere lipit metabolizması üzerinde etkileri olduğu bulunmuştur. | Sulukan ve ark. 2022 |
| Danio rerio (embriyolar) | 6-propil-2-tiyourasil | Metabolom, (nöro-)gelişimsel toksisitenin indüksiyonu için kanıt sağlar. 6-Propil-2-tiourasil (PTU) metiyonin düzeylerini azaltmış, tirozin, pipekolik asit ve lizofosfatidilkolin düzeylerini artırmıştır. | Wilhelmi ve ark. 2023
|
| Daphnia magna | Ti3C2Tx | 265’e ve 191’e kadar farklı metabolitte önemli değişikliklere neden olmuştur ve bu metabolitler lipid ve amino asit metabolizmasında yer alan maddelerdir | Xiang ve ark. 2024 |
Öğrenin: Sucul organizmaların değerlendirilmesi için (Kseno)metabolomik
Öğrenin: Hafif Isı Stresinin Gökkuşağı Alabalığı Plazması Üzerindeki Metabolomik Etkileri (video)
3. ALTERNATİFLER
Sucul sucul organizmaların in vivo modellerinde toksisite çalışmalarında, geleneksel toksisite testleri gerçekleştirilmiştirSon yıllarda, in vitro tekniklerin ve bilgisayar tabanlı sistem modellerinin gelişmesine bağlı olarak alternatif modeller geliştirilmiştir.
Hücre kültürü temelli yöntemler, toksik maddelerin toksik etkilerini değerlendirmek için yararlı olabilir ve çeşitli kimyasalların birlikte yüksek verimli taranmasını sağlayabilir. Bu yollar etik sorunları önleyebilir, maliyetleri azaltabilir ve kısa sürede daha hızlı sonuç alınmasını sağlayabilir. Örneğin balık organizmalarından geliştirilen hücre kültürleri ile kirletici analizleri yapılabilmektedir. Bu modellerin yanı sıra genomik, proteomik ve metabolomik, türlerin kirleticilere karşı biyolojik reaksiyonları hakkında derinlemesine bilgi sağlayarak sucul toksikolojiyi yeniden tanımlayabilir. Böylece bu yöntemler, toksik maddelerden etkilenen yeni biyobelirteçlerin ve yolların tanımlanmasını sağlar
In silico modeller ve makine öğrenimi, son yıllarda canlı organizmalara dayanmadan öngörücü toksikolojik sonuçları iyileştirmek için çok önemli araçlar olarak ortaya çıkmıştır. In silico yaklaşımı, kimyasal yapıya ve bilinen biyolojik etkileşimlere dayanarak toksisiteyi tahmin edebilir ve kapsamlı hayvan testlerine olan ihtiyacı azaltır. Buna ek olarak, Kantitatif yapı-aktivite ilişkisi (QSAR) modelleri ve çok görevli derin öğrenme algoritmaları, kimyasal yapıyı biyolojik aktivite ile ilişkilendirerek mevcut verilere dayalı risk değerlendirmelerine olanak sağlayabilir (Son ve ark. 2024).
4. ÇÖZÜMLER
4.1. Omik Teknolojilerinin Entegrasyonu
Omik teknolojilerinin entegrasyonu, toksik etkilerin karmaşık ve ters tepkilerinin anlaşılmasını geliştirerek organizmanın kirleticilere verdiği tepkilerin daha bütünsel bir şekilde görülmesini sağlar (Calabrese vd., 2023). Farklı omik teknolojilerinden elde edilen veriler, karmaşık biyolojik etkileşimleri kapsamlı bir şekilde analiz etmek için kullanılmaktadır (John Martin ve ark. 2024). Toksisite çalışmalarının amacı, özellikle ksenobiyotik kaynaklı toksisitede temel mekanizmaları kapsamlı bir şekilde inceleyerek organizma üzerindeki olumsuz sağlık etkilerini önlemek veya yönetmektir (Joseph 2017). Omik teknolojilerin çevreye entegrasyonu Şekil 4’te özetlenmiştir.
Şekil 4. Omik teknolojilerin çevreye entegrasyonu (Kaynak: Colli-Dula ve ark. 2022)
4.2. Sucul toksikolojide omiklerin sınırlamaları ve zorlukları
Her ne kadar omik teknikler toksik maddelerin sucul organizmalar üzerindeki etkilerini değerlendirmek için etkin bir şekilde kullanılsa da, düzenleme ve izleme programlarında pratik uygulama için hala iyileştirmeler gerekmektedir. Sucul toksikolojide omiklerin temel sınırlamaları ve zorlukları aşağıdaki gibidir:
- Doğal değişkenlik (biyolojik ve çevresel değişkenlikler)
- Verilerin yorumlanması
- Model olmayan sucul türler için referans veri tabanlarının sınırlı mevcudiyeti
- Veri karmaşıklığı ve çeşitli biyolojik yollar ile toksik etkiler arasındaki etkileşimi anlamanın zorluğu
- Omik teknolojilerin standardizasyon ve validasyon eksikliği
- Sucul ortamlardaki karmaşık kirletici karışımlarının değerlendirilmesi
5. ÖNERİLER (SONUÇLAR)
Omik teknolojilerin sucul toksikolojide çevresel izleme için biyobelirteçlerin belirlenmesi, kirleticilere karşı türe özgü tepkilerin anlaşılması ve karmaşık kirletici karışımlarının etkilerinin analiz edilmesi gibi birçok kullanım alanı vardır. Bu teknolojiler, sucul hayvan sağlığı ve çevresel stres faktörlerine maruz kalma ve nesli tükenmekte olan sucul türler için koruma önlemleri ile ilişkili biyolojik tepkilere mekanistik bir bakış açısı oluşturmak için yararlıdır.
Omik verilerin su kalitesi parametreleri ve ekolojik değerlendirmeler gibi diğer çevresel verilerle entegrasyonu, kirleticilerin su ekosistemleri üzerindeki etkilerini tahmin etme ve azaltma yeteneğimizi artıracaktır.
Omiks alanındaki gelişmelerin risk değerlendirme uygulamaları ve düzenleyici karar alma süreçleri üzerinde önemli etkileri vardır. Sıralama teknolojilerindeki ve biyoinformatik araçlarındaki gelişmeler omik analizlerini daha erişilebilir ve uygun maliyetli hale getirmektedir.
Omik verilerin gelecekte risk değerlendirmesi ve yönetimine entegrasyonu için kalite kontrolleri ve geçerlilik testlerini içeren iyi tanımlanmış standart protokoller gerekli olacaktır.
6. KAYNAKLAR
Ahmad, S.F., Jehangir, M., Srikulnath, K. et al. (2022). Fish genomics and its impact on fundamental and applied research of vertebrate biology. Rev Fish Biol Fisheries 32, 357–385 https://doi.org/10.1007/s11160-021-09691-7
Aparicio, S., Morrison, A., Gould, A. et al. (1995) Detecting conserved regulatory elements with the model genome of the Japanese puffer fish, Fugu rubripes. Proc Natl Acad Sci USA 92:1684–1688. https://doi.org/10.1073/pnas.92.5.1684
Baxendale, S., Abdulla, S., Elgar, G. et al. (1995) Comparative sequence analysis of the human and pufferfish Huntington’s disease genes. Nat Genet 10:67–76. https://doi.org/10.1038/ng0595-67
Bedia, C. (2022). Metabolomics in environmental toxicology: Applications and challenges. Trends in Environmental Analytical Chemistry, 34, e00161.
Calabrese V., Salvador, A., Clément, Y., Brunet, T.A., Espeyte, A., Chaumot, A., Geffard O., Degli-Esposti, D., Ayciriex S. (2023) Challenges and perspectives in MS-based omics approaches for ecotoxicology studies: An insight on Gammarids sentinel amphipods. Frontiers in Analytical Science. (3) DOI=10.3389/frans.2023.1118494. ISSN=2673-9283
Collí-Dulá, C.R., & Ruiz-Hernández, I. M. (2022). Applications of Omics Approaches to Decipher the Impact of Contaminants in Dolphins. IntechOpen. doi: 10.5772/intechopen.102424
Depledge, M.H., Fossi, M.C. (1994) The role of biomarkers in environmental assessment (2). Invertebrates. Ecotoxicology 3, 161–172 (1994). https://doi.org/10.1007/BF00117.
Gajahin Gamage, N.T., Miyashita R., Takahashi K., Asakawa S., Senevirathna J.D.M. (2022) Proteomic Applications in Aquatic Environment Studies. Proteomes. 1;10(3):32. doi: 10.3390/proteomes10030032. PMID: 36136310; PMCID: PMC9505238.
Gil-Solsona, R., Álvarez-Muñoz, D., Serra-Compte, A., Rodríguez-Mozaz S., (2021) (Xeno)metabolomics for the evaluation of aquatic organism’s exposure to field contaminated water, Trends in Environmental Analytical Chemistry. (31) e00132, ISSN 2214-1588, https://doi.org/10.1016/j.teac.2021.e00132.
Jeffrey, J.D., Thorstensen, M. J., Enders, E.C., Treberg, J. R., & Jeffries, K. M. (2023). Using transcriptomics to examine the physiological status of wild-caught walleye (Sander vitreus). FACETS, 8: 1-15
John Martin, J. J., Song, Y., Hou, M., Zhou, L., Liu, X., Li, X., Fu, D., Li, Q., Cao, H., & Li, R. (2024). Multi-Omics Approaches in Oil Palm Research: A Comprehensive Review of Metabolomics, Proteomics, and Transcriptomics Based on Low-Temperature Stress. International Journal of Molecular Sciences, 25(14),7695.
Joseph, P. (2017). Transcriptomics in toxicology. Food and Chemical Toxicology, 109, 650-662.
Howe, K., Clark, M.D., Torroja, C.F. et al (2013) The zebrafish reference genome sequence and its relationship to the human genome. Nature 496:498–503. https://doi.org/10.1038/nature12111
Hutton, S.J. and Brander, S.M. (2023). Epigenetics in Aquatic Toxicology. In Epigenetics in Aquaculture (eds F. Piferrer and H.-P. Wang). https://doi.org/10.1002/9781119821946.ch14
Kayode-Edwards, I.I., Isibor, P.O., Akinduti, P.A. (2024). Omics Technologies in Aquatic and Marine Toxicology. In: Isibor, P.O. (eds) Arctic Marine Ecotoxicology. Springer, Cham. https://doi.org/10.1007/978-3-031-73584-4_24
McKinnon, J.S., Rundle, H.D. (2002). Speciation in nature: The threespine stickleback model systems. Trends Ecol Evol 17:480–488. https://doi.org/10.1016/S0169-5347(02)02579-X
Nikinmaa, M. (2014). Chapter 7 – Chemical Uptake by Organisms, Editor(s): Mikko Nikinmaa, An Introduction to Aquatic Toxicology, Academic Press, Pages 73-80, ISBN 9780124115743, https://doi.org/10.1016/B978-0-12-411574-3.00007-4
Olesti, E., González-Ruiz, V., Wilks, M. F., Boccard, J., & Rudaz, S. (2021). Approaches in metabolomics for regulatory toxicology applications. Analyst, 146(6), 1820-1834.
Peichel, C.L. (2005). Fishing for the secrets of vertebrate evolution in three spine sticklebacks. Dev Dyn 234:815–823. https://doi.org/10.1002/dvdy.20564
Solanke, A.U. & Kanika, K.T. (2015). Genomics: An Integrative Approach for Molecular Biology. In book: Biotechnology— Progress and Prospects. Editors: S M Paul Khurana, Singh M Publisher: Studium press.
Son, A., Park, J., Kim, W., Yoon, Y., Lee, S., Ji, J., & Kim, H. (2024). Recent Advances in Omics, Computational Models, and Advanced Screening Methods for Drug Safety and Efficacy. Toxics, 12(11), 822. https://doi.org/10.3390/toxics12110822
Sun-Hwa, N., Sang A. K., Tae-Yang, L., Youn-Joo, A. (2023). Understanding hazardous concentrations of microplastics in fresh water using non-traditional toxicity data, Journal of Hazardous Materials, Volume 445, 130532, ISSN 0304-3894, https://doi.org/10.1016/j.jhazmat.2022.130532
Tickle, C., Cole, N.J. (2004). Morphological diversity: Taking the spine out of three-spine stickleback. Curr Biol 14:R422–R4 Peichel CL (2005). Fishing for the secrets of vertebrate evolution in threespine sticklebacks. Dev Dyn 234:815–823. https://doi.org/10.1002/dvdy.20564
Van der Oost, R., Beyer, J., Vermeulen, N.P. (2003) Fish bioaccumulation and biomarkers in environmental risk assessment: a review. Environ Toxicol Pharmacol. Feb;13(2):57-149. doi: 10.1016/s1382-6689(02)00126-6. PMID: 21782649.
Wang, F., Zhang, Q., Cui, J., Bao, B,. Deng, X., Liu, L, Guo, M. (2023). Polystyrene microplastics induce endoplasmic reticulum stress, apoptosis and inflammation by disrupting the gut microbiota in carp intestines Environ. Pollut., 323. Article 121233, 10.1016/j.envpol.2023.121233
