Module 7 TR

ProBac-seq protokolu, RNA problar? ve ticari mikroak?skan platformlar kullanarak tek hucre RNA dizileme gerceklestirir.

Tek hucre cozunurlugunde RNA dizilemeye dayal? yuksek verimli (high-throughput) teknikler sunlard?r:

MATQ-seq yontemi, her bir hucrenin ayr? kuyucuklara yerlestirilmesini ve her birine ozgu barkodlama reaksiyonlar?yla dizileme kutuphaneleri olusturulmas?n? icerir.

Transkriptomik, RNA transkriptleriyle ilgilenir:

Cevresel transkriptomik, cevredeki mikrobiyal topluluklardan mRNA transkriptomlar?n? elde ederek hem kendi ic dinamiklerini hem de cevreyle etkilesimlerini anlamay? hedefler.

Prokaryot transkriptleri poliadenilasyon mekanizmas?ndan yoksundur ve DNA izolasyonu kolay degildir.

par-SeqFISH, yuksek cozunurlukte gen ekspresyonunu mekansal baglamda ortaya koyan bir genom goruntuleme yontemidir.

K?smi cevresel transkriptomlar?n analizinde temel protokol su is ak?s?n? icerir:

Kombinatoryal barkodlamaya dayal? tek hucre transkriptomik yontemleri sunlard?r:

Seq-Well yontemi, damlac?k (droplet) bazl? hucre yakalama ve barkodlama sistemini kullan?r.

Cevresel ortamlardaki mikrobiyal topluluklar karmas?k ve dinamik sistemlerdir; bu durum transkriptom verilerinin uretilmesi ve yorumlanmas?n? zorlast?r?r.

Transkript anotasyonu, referans genomlara hizalama (mapping) veya de novo dizilimle (yeni bastan montaj) transkript birimlerinin olusturulmas? anlam?na gelir.

Cevresel transkriptomlar?n k?smi analizini kolaylast?ran baz? protokoller sunlard?r:

Cevresel proteomik, mikrobiyal sureclere dair yenilikci hipotezler gelistirmek icin potansiyel tas?r.

PETRI-seq, prokaryotik gen ekspresyonunun yerinde RNA etiketlemesi ve ard?ndan dizileme yoluyla profillenmesini saglayan bir tekniktir.