Module 7 TR

Seq-Well yontemi, damlac?k (droplet) bazl? hucre yakalama ve barkodlama sistemini kullan?r.

Kombinatoryal barkodlamaya dayal? tek hucre transkriptomik yontemleri sunlard?r:

Transkript anotasyonu, referans genomlara hizalama (mapping) veya de novo dizilimle (yeni bastan montaj) transkript birimlerinin olusturulmas? anlam?na gelir.

Cevresel transkriptomlar?n k?smi analizini kolaylast?ran baz? protokoller sunlard?r:

PETRI-seq, prokaryotik gen ekspresyonunun yerinde RNA etiketlemesi ve ard?ndan dizileme yoluyla profillenmesini saglayan bir tekniktir.

Cevresel ortamlardaki mikrobiyal topluluklar karmas?k ve dinamik sistemlerdir; bu durum transkriptom verilerinin uretilmesi ve yorumlanmas?n? zorlast?r?r.

Prokaryot transkriptleri poliadenilasyon mekanizmas?ndan yoksundur ve DNA izolasyonu kolay degildir.

Cevresel proteomik, mikrobiyal sureclere dair yenilikci hipotezler gelistirmek icin potansiyel tas?r.

Cevresel transkriptomik, cevredeki mikrobiyal topluluklardan mRNA transkriptomlar?n? elde ederek hem kendi ic dinamiklerini hem de cevreyle etkilesimlerini anlamay? hedefler.

Transkriptomik, RNA transkriptleriyle ilgilenir:

ProBac-seq protokolu, RNA problar? ve ticari mikroak?skan platformlar kullanarak tek hucre RNA dizileme gerceklestirir.

K?smi cevresel transkriptomlar?n analizinde temel protokol su is ak?s?n? icerir:

par-SeqFISH, yuksek cozunurlukte gen ekspresyonunu mekansal baglamda ortaya koyan bir genom goruntuleme yontemidir.

Tek hucre cozunurlugunde RNA dizilemeye dayal? yuksek verimli (high-throughput) teknikler sunlard?r:

MATQ-seq yontemi, her bir hucrenin ayr? kuyucuklara yerlestirilmesini ve her birine ozgu barkodlama reaksiyonlar?yla dizileme kutuphaneleri olusturulmas?n? icerir.