Welcome to your Module 7 ES
La proteómica ambiental posee potencial para generar hipótesis innovadoras sobre los procesos microbianos.
La transcriptómica ambiental recupera transcriptomas (ARNm) de conjuntos microbianos del medio ambiente para comprender sus interacciones y las interacciones con el medio ambiente.
La transcriptómica se ocupa de los transcritos de ARN:
Las metodologías de alto rendimiento, basadas en la secuenciación del ARN unicelular y que apoyan la capacidad de resolución unicelular del proceso de secuenciación incluyen:
El par-SeqFISH es un enfoque de imagen genómica que revela la expresión génica en un contexto espacial con una alta resolución.
Los consorcios microbianos de los hábitats medioambientales constituyen un sistema complejo y dinámico y entrañan todas las dificultades para la generación e interpretación de sus datos transcriptómicos.
El método Seq-Well explora la captura celular y el código de barras basados en gotitas.
Algunos de los protocolos que facilitan los análisis de transcriptomas ambientales parciales incluyen:
PETRI-seq es una técnica que permite el perfilado de la expresión procariota mediante el marcaje de ARN in situ seguido de secuenciación.
El protocolo principal para el análisis de transcriptomas ambientales parciales comprende el siguiente flujo de trabajo:
El protocolo ProBac-seq utiliza bibliotecas de sondas de ARN y plataformas comerciales de micro-fluidos para realizar la secuenciación de ARN unicelular.
Las técnicas MATQ-seq aíslan células individuales en pocillos separados de placas de un solo pocillo y realizan reacciones de indexación individuales para generar bibliotecas de secuenciación.
La transcriptómica unicelular con enfoques de código de barras combinatorio incluye los siguientes métodos:
Los transcritos procarióticos carecen de un mecanismo de poliadenilación y el aislamiento del ADN no es fácil.
La anotación de los transcritos implica el ensamblaje de las construcciones mediante la comparación con los genomas de referencia o el ensamblaje de novo.
