Module 11 BG

Метатранскриптомиката е високопроизводителен, независим от културата метод за количествено определяне на нивата на експресираната иРНК на сложни микробни общности.

Разработването на иновативни биосензори за диференциране на леки и тежки лантаниди (Ln) се основава на комбинирането на следните омикс подходи:

Флуксомиката изследва динамиката на метаболитните процеси и дава информация за действителните нива в метаболитните мрежи свързани както с нормалната клетъчната активност, така и в отговор на промените в околната среда.

Метатранскриптомиката предоставя ключова информация за активно експресираните гени в едно микробно съобщество, както и за микробните функции при условията, съществуващи в момента на вземане на пробата.

Метаболомиката предоставя качествена и количествена оценка на метаболитните продукти, секретирани от микробната общност при различни условия на околната среда.

Щам на коя бактерия е способен да разгражда трихлороетен, трихлороетен и токсичния метаболит цис-дихлороетен (cDCE), които се натрупват в подпочвените води?

Прилагането на кои омикс подходи са от решаващо значение за характеризиране на микробиомите във връзка с управлението на околната среда, мониторинга и биоремедиацията?

Катастрофалният разлив на петрол от Deepwater Horizon през 2010 г. в Мексиканския залив доведе до активиране на естествени микробни общности с нефтодеградиращ капацитет. За да идентифицират основните бактерии, отговорни за естествената биоремедиация, учените използваха:

Информацията за генната експресия в дадена проба от околната среда се получава чрез улавяне на общата иРНК на микробиома и извършване на цялостно метатранскриптомично секвениране.

Метагеномиката помага да се отговори на въпроса „какъв е съставът на микробната общност при различни условия?“

Геномиката изучава генетичния материал на цели съобщества от организми.

Единичните омикс подходи като геномен, транскриптомен, протеомен или метаболомен, могат да разкрият биологичните механизми на сложни микробни общности в отговор на промените настъпили в екосистемите.

Протеомиката е широкомащабно изследване на всички протеини, които се експресират в определен момент от всички организми в екосистемата.

Метагеномиката е цялостен подход за изучаването на микробни съобщества чрез анализ на генетичен материал, получен директно от проби от околната среда, без необходимостта от култивиране на специфични видове.

Кои са най-често прилаганите омикс техники за изучаване на азотосвързващите бактерии и ризобактериите с цел подобряване на ефективността им в агробиотехнологията?